Die DB will einen Tiefbahnhof bauen. Dazu ist es erforderlich, dass die SSB mehrere Stadtbahntunnel sowohl unter der Heilbronner Straße als auch im Bereich Willy-Brandt-Straße/Staatsgalerie verlegt und Haltestellen umbaut. Da die Ursache die DB-Baumaßnahme „Stuttgart 21“ ist, sind sogenannte Kreuzungsvereinbarungen erforderlich, die regeln, wer welchen Anteil der Baumaßnahmen bezahlt. In den Zeitungen war zu lesen, dass diese Verhandlungen schwierig waren und die Unterzeichnung immer wieder verschoben wurde.
Für diese Stadtbahn-Umbaumaßnahmen werden insgesamt ca 200 Mio Euro an öffentlichen Geldern eingesetzt. Das zahlt die DB, die sich jedoch 70% davon (rd. 140 Mio Euro) aus öffentlichen GVFG-Geldern wieder zurückholt. Diese Gelder sind eigentlich dafür gedacht, den ÖPNV im ganzen Land zu verbessern, aber nicht um Prestige-Großprojekte wie Stuttgart 21 zu finanzieren. Voraussetzung für die Inanspruchnahme von GVFG-Mitteln ist jedoch der Nachweis eines Nutzen-Kosten-Verhältnisses größer 1,0. Jedoch stellen diese Stadtbahn-Umbaumaßnahmen keine Verbesserung dar, weil es die betroffenen Tunnelstrecken schon gibt und die Haltestelle Staatsgalerie auch, und durch Umbau und Verlegung die Leistung der Stadtbahn nicht verbessert wird. Weil kein zusätzlicher Nutzen erreicht wird, ist auch kein förderfähiges Nutzen-Kosten-Verhältnis möglich; GVFG-Fördermittel dürften hierfür nicht in Anspruch genommen werden (siehe zum Beispiel Stadtbahntunnel Karlsruhe, für den der Bundesrechnungshof die beantragten GVFG-Fördermittel ablehnt und die Stadt Karlsruhe nun vor einem Finanzierungsdesaster steht).
Für die bauzeitbedingten Betriebsmehrausgaben und Einnahmeverluste bekommt die SSB von der DB pauschal 4,6 Mio Euro; auf den absehbaren Mehrkosten wird die SSB und damit die Stadt Stuttgart sitzenbleiben.
Was die SSB schon 2006 von den Auswirkungen von S21 auf das Stadtbahnsystem wußte: SSB 2006 zu S21 (pdf)
„Leider passen die Planungen der Bahn nicht mit der bestehenden Infrastruktur der SSB zusammen. Randbedingungen wie Topographie, Geologie oder Mineralwasser setzen Grenzen für die Tiefenlage der neuen Tunnel und des unterirdischen Bahnhofs.“und weiter: „Nicht weniger kritisch stellte sich die Situation auf der anderen Talseite bei der Haltestelle Staatsgalerie dar. Sechs Linien (U 1, U 2, U 4, U 9, U 14 und die U 11) wären betroffen. Hinzu kommt, dass die Haltestelle ein Verzweigungspunkt in Richtung Charlottenplatz oder in Richtung Hauptbahnhof ist. Der neue Fernbahntunnel würde sich in etwa auf der gleichen Höhe wie die bestehende Haltestelle befinden. Da wegen der geringen Überdeckung keine Tunnel in bergmännischer Bauweise möglich sind, der Fahrbetrieb nicht unterbrochen werden sollte und neue Haltestellen möglichst nach oben offen geplant werden, wurde eine neue Haltestelle auf dem Fernbahntunnel neben der bestehenden, in Richtung Schlossgarten versetzt, geplant. Die neue durch die Höhenlage nach oben offene Haltestelle könnte so im Schatten der bestehenden, in Betrieb befindlichen Haltestelle hergestellt werden.“ (SSB 2006)
Die Berührungspunkte des Stadtbahnnetzes mit Stuttgart 21, die 2006 schon analysiert wurden, existieren natürlich weiterhin. Wie das 2016 von der SSB dargestellt wird: SSB zu S21